「バイオインフォマティクスのプログラミングコンテスト」記事へのコメント

勉強会とかないかな

[Anonymous Coward]

こういうネタを利用して，プログラマー向けの生物学教室とか（ん？バイオインフォマティクス教室かな）をやってくれる人はいないものでしょうかね．「アプローチ手法の斬新さ，ユニークさ」を審査

Re:勉強会とかないかな

[y_tambe (8218)]

＃あらかじめ、僕もやんないってことだけは表明しておくけど

こういうネタを利用して，プログラマー向けの生物学教室とか（ん？バイオインフォマティクス教室かな）をやってくれる人はいないものでしょうかね

オライリーの本 [oreilly.co.jp]にしてもそうなんですが、バイオインフォマティクスの解説書って基本的にバイオ研究者（でコンピュータの初心者）向けのものばっかりなんですよね、確かに。逆のパターンの本があったら誰か教えてほしいですね。
バイオインフォマティクスに使われるよ

Re:勉強会とかないかな

[Anonymous Coward]

バイオインフォマティクスに使われるような生化学のことをプログラマが理解するのに比べたら、理解すべきことの分量は確かにその方が少ないようには思いますし

一応バイオインフォマティクスを本業にしている者ですが、
この業界では寧ろ、
コンピューターで使われるような情報科学のことを生化学屋が
理解するのに比べたらプログラマが理解すべき生化学の分量は
確かにその方が少ない、と思われている気がします。

情報科学をちょっとかじったことのある人だったら造作もない
ようなことを人の力で頑張っていたりするので、ちょっとくらい
生物が分かって、プログラムが書

Re:勉強会とかないかな

[T.Sawamoto (4142)]

# 生化学用語を知りたいというコメントではありません。

面白そうだな、とは思います。
しかし、本格的に生化学の勉強をするのはちょっと…と躊躇してしまうのも事実です。（『Newton』ぐらいは読んでますが(^^;)）
例えば、『問題 4』は生化学に関する知識は不要なわけですよね。ところが逆に、『問題 3』なんかは「ハイブリダイズって何よ？」となってしまうわけで…。
（あまりに基本的な用語なのか、Googleで調べても分からない。『二本鎖を形成』？　対にするってことかな？）
実際のところ命題を解くに当たって

Re:勉強会とかないかな

[mkasa (12075)]

情報向けに（物凄く簡単に、専門家はツッコミ禁止）解説すると...

問題１ (例は全て架空のものです)
  ATGCの４文字からなる文字列があります。
  遺伝子が含まれる領域の左側にプロモータ配列という配列があると、
  プロモータ配列の種類に応じた特定の条件で遺伝子が働くように
  なります。(例: プロモータAは細胞が熱にさらされると、
  右にある遺伝子が働くようになる)
  プロモーター配列は一般には、遺伝子の左側にだいたい存在し、
  遺伝子自体とどれくらい離れているかは種類によります。
  同じ種類でも距離は一定して

質問です．

[Anonymous Coward]

プロモーター配列ってのが，一意に決まらなくて，30%ぐらいの違いがあるんだとすると，回答として記述する配列ってのはどう記述するのでしょうか？
正規表現を使って試してみようかな．正規表現メーリングリスト [bug.org]に投げてみようかしらん．

Re:質問です．

[mkasa (12075)]

データセットの中に入っているREADMEを読む限りでは どれか１つを答えればよいのではないでしょうか？ 実際に現場で欲しいのは[AT]TTG[GC]?AT.Gみたいな正規表現 に相当するデータでありますが、コンテストではそこまで 求めているのではなさそう。