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バイオテック

DNAをアセンブルできる「ゲノムコンパイラ」 37

ストーリー by hylom
スタバでMacBookをドヤ顔で広げて遺伝子操作する時代が到来 部門より
あるAnonymous Coward 曰く、

生化学技術者らが、DNAをお手持ちのコンピュータで簡単にアセンブルできる「Genome Compiler」を公開している（本家/.）。

このコンパイラを開発したのは、Genome Compiler社の創業者であるOmri Amirav-Drory氏。氏はスターバックスでMacBookを広げ、バクテリアの遺伝子を操作するデモを披露したそうだ。作成したDNAデータをファイルに保存してDNA合成ラボに送信することで、実際に人工DNAを作成することも可能だという。

このソフトウェアはGenome Compiler社のWebサイトからダウンロードできる。今すぐ新しい生物（のDNA）をアセンブルしよう！

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DNAをアセンブルできる「ゲノムコンパイラ」 More

  • ATG TCT TCC TCG AGG CCT GCC CAC ...

  • スタバでMacBook開いてドヤ顔 (スコア:2, すばらしい洞察)

    by Anonymous Coward on 2013年03月01日 17時05分 (#2335204)

    > 氏はスターバックスでMacBookを広げ、バクテリアの遺伝子を操作するデモを披露したそうだ。

    未だかつてこんなにスマートな『スタバでMacBook開いてドヤ顔』があっただろうか

  • 遺伝子を合成して医学的用途に役立てようとしていた研究者が事故で遺伝子を浴びてしまい侵入した遺伝子で…、という話をついこの間読んだばかり。本編中ではシーケンサーで遺伝子合成を行っていました。真っ先にそれを連想しましたけれど、よく考えるとそっちは合成ＲＮＡ（合成ウイルス）で合成ＤＮＡじゃなかったですね。

    間違えて合成DNAを体内に侵入させちゃったらどうなるんでしょうか。RNA（ウイルスとして振る舞う能力がある）の場合と違って問題は起きないのかな？
    # ネタ元は「ゲノム・ハザード（司城 志朗 著)」。内容は医学じゃなくてミステリー。

    • 多くの動植物から細胞の形でDNAを食品として摂取していても、何も起こりませんから、一切問題は無いのではないかと。

      高濃度のDNA大量摂取なら、尿酸値が上がって高尿酸血症とか痛風になると思いますが。

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      • 多くの動植物から細胞の形でDNAを食品として摂取していても、何も起こりませんから、一切問題は無いのではないかと。

        基本はそうですが、食べ続けているとたまに変なことが起こるみたいなんですよね。
        日本人の腸だけに存在？：海藻を消化する細菌 [wired.jp]

        日本人の過去において、どこかの時点の誰かの腸で、この酵素をコード化する遺伝子が、Z. galactanivoransからB. plebeiusに入り込んだのだ。この幸運なB. plebeiusは、紅藻類を処理するという新しく得た能力を活用して腸環境に広がり、最終的には日本人の集団に広がって、彼らの海藻をたくさん食べる食事習慣から、さらに多くの栄養を得るようになったのだろう。

        変化したのは人間ではなく共生細菌ですが、結果として日本人が新たな特性をゲットしたという。

        TarZの日記： 【GPLかんせん！】Bdelloid が外部の成果物のコードを無断再利用している形跡を発見 [srad.jp]の話も、食ったDNAを取り込んでると考えられているようです。

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        • Re: (スコア:0)

          by Anonymous Coward

          ミトコンドリアなんかもメインの細胞とは別のDNAもってる
          寄生生物だったりなんかしたりしますしね。DNAの合体ではありませんが。
          # ミトコンドリア・イブとかもてはやされた時代にそういう小説ありましたな。

          まぁ、胃液やらで消化するのと、細胞レベルで取り込むのは
          分けて考えた方がいいとは思います。
          DNAは吸収されるには分子量大きすぎ？

    • ドラや菌 [wikipedia.org]でも出来ちゃうのかな.

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    • 通りすがりの分子生物学徒 (スコア:1)

      by Anonymous Coward on 2013年03月01日 17時55分 (#2335249)

      遺伝子を浴びるっていう表現にぞわぞわします。
      遺伝子は浴びれませんよ。DNAやRNAという物質なら浴びようもありますが。。。
      ###　放射性物質、ではなく「放射能を浴びる」、という表現のような。

      また（DNA）シークエンサーは配列を”読む”機械です。合成する機能はありません。
      合成するのは、（DNA）シンセサイザーですね。

      「RNA（ウイルスとして振る舞う能力がある」というのも誤解です。
      DNAとRNAをまとめて「核酸」といいますが、核酸自体にウイルスとして振舞う能力はありません。
      例えば何かのPC用ソフトのDVDがあっても、DVDドライブやPCがなければただのプラスチックと同じです。
      核酸の遺伝情報も読み出す装置（転写機構）やその遺伝情報を機能させる各種因子（ｔRNA、リボソームほか）
      がなければただの有機物です。

      ですので合成DNAを体内に、とありますが
      口から　→　消化管内　→　普通に消化（そもそも肉や果物にはDNA、RNAが普通に大量に入ってますね）
      血管から　→　DNAse（DNA分解酵素）で速やかに分解
      という普通の防御機構でおしまいのような気がします。

      ウイルスのように細胞中に直接注入され、且つヒト細胞で機能する遺伝子配列であれば、
      何らかの生理作用を持つ可能性はありますね。（基本的にはやっぱり速やかに分解されてしまいますが）

      夢のないレスですみません。。。

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      • ＞遺伝子を浴びるっていう表現にぞわぞわします。
        なるべくネタバレを避けようとしたためで実際の記述では合成レトルウイルスを顔に浴びて傷口から侵入を許しています。

        ＞「RNA（ウイルスとして振る舞う能力がある」というのも誤解です。
        これも、上記と同様。合成レトロウイルスの話です。

        詳細を明かすともろにネタバレになるので記述を変えたのですが、なんか中途半端だったみたいですね。もっと書き方を練るべきでした。
        # なお、シークエンサーは間違いです。シンセサイザーでした。
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      • Re: (スコア:0)

        by Anonymous Coward

        >遺伝子は浴びれませんよ。DNAやRNAという物質なら浴びようもありますが。。。

        通りすがりの昭和人間ですが、ら抜き言葉を浴びるとぞわぞわします。。。

        ひねりのないコメントですみません。。。

      • Re: (スコア:0)

        by Anonymous Coward

        >遺伝子を浴びるっていう表現にぞわぞわします。

        bukkakeのことかと思ったら違った。

      • Re: (スコア:0)

        by Anonymous Coward

        放射能って、「放射線を放射する能力」だから浴びれないのは分かるけど、
        遺伝子って「遺伝情報を伝達する分子構造あるいはその一部」だから、
        遺伝子は浴びれると思うんだけど違うのかな？

        α線やβ線は放射線であって放射能ではないけど、DNAやRNAは遺伝子でしょ？
        違うのかな。

  • Genome Compilerを操作して勝手に致死性ウィルスを発注するコンピュータウィルスとか出てきそうだな。

    • Re: (スコア:0)

      by Anonymous Coward

      Gnome Compilerに空目。
      こんなところにもGPLが！？と。

  • とりあえず見送り (スコア:0)

    by Anonymous Coward on 2013年03月01日 16時36分 (#2335177)

    アセンブルなんて嫌だ。LLVMで高級言語が実装され、ライブラリが揃うまで待つ

  • アセンブルするコンパイラ…… (スコア:0)

    by Anonymous Coward on 2013年03月01日 16時52分 (#2335190)

    何か気持ち悪いっす。

    • Re: (スコア:0)

      by Anonymous Coward

      昔、マクロアセンブラは、アセンブラなのかコンパイラなのか？
      という議論があったなぁ

  • 遺伝子・ゲノム・DNA・塩基・染色体 (スコア:0)

    by Anonymous Coward on 2013年03月01日 17時03分 (#2335200)

    違うかもしれないが
    塩基 == ニーモニック
    遺伝子 == サブルーチン
    ゲノム == ライブラリ
    染色体==サブシステム仕様書
    。。。
    てな感じでどなたか解説してくれませんか。

    • Re: (スコア:0)

      by Anonymous Coward

      塩基 == 文字コード。といっても本文に4文字、転写専用の1文字しかい。3文字は本文・転写兼用。
      コドン == 予約語。
      シークエンス == プログラムコード。
      ゲノム == インスタンス生成に必要なプログラムコードのフルセット。

      ただ、static void main() に相当するシークエンスがどれだかわからない。
      わかっても、兆単位の数のCellによる並列処理だから解析しきれるものでもない。

      遺伝子==リポジトリ
      染色体==github

  • アセンブルについて (スコア:0)

    by Anonymous Coward on 2013年03月01日 17時14分 (#2335216)

    本家の方でもミスリーディングなタイトルだってんで非難されてんな。

    "アセンブル"っつっても「塩基配列のアセンブル」と言うバイオインフォマティクス用語。
    しかもこのソフトは、本格的（塩基配列の）アセンブラーと言うよりは、どっちかっつーと
    ホモロジーサーチとかそっちレベルの機能しか持ってなさげ。

    アセンブルって言ったらphred/phrap/consedとか、platanusとか、、、

  • 欲しいもの (スコア:0)

    by Anonymous Coward on 2013年03月01日 17時39分 (#2335237)

    たんぱく質の構造を入力すると、それを生成するDNA（の塩基配列）を出してくれるソフト。
    単純にアミノ酸から三つ組みに変換するだけじゃなく、読み始めを示す構造とかも込みで。

    • Re: (スコア:0)

      by Anonymous Coward

      合成効率とか無視すればある程度のものはスクリプト言語で書けそうな気もする。

  • ちょっと気になる (スコア:0)

    by Anonymous Coward on 2013年03月01日 17時39分 (#2335238)

    スターバックスでMacBookを広げ

    この一文って必要だったんですかね？本家スラッシュドットのタレコミ文には、確かに「コーヒーショップでラップトップを広げた」とあります。
    でも別にスターバックスともMacbookとも書いていませんよね。タレコミしたACがどうしてそういう文を追加したのかよくわからない。まさか喫茶店でMacbook使ってる人を見るとイライラするタイプのお方？

  • Yet Another Perl Hacker (スコア:0)

    by Anonymous Coward on 2013年03月01日 19時20分 (#2335305)

    Perlのあれはインタプリタ部分は何行でしたっけ。

    下の噴出しがLarry Wallで吹いた(誇張

  • せめて実行形式であるタンパク質合成まで行えるようじゃないとつまらん。
    DNA断片だけでも何らかの機能がある場合もあるとかいうツッコミは無視する。

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皆さんもソースを読むときに、行と行の間を読むような気持ちで見てほしい -- あるハッカー